DNA的克隆是将含有目的基因或其它有意义的DNA片段同能够自我复制的载体DNA连接，然后将其转入宿主细胞或受体生物进行表达或进一步研究的分子操作的过程，因此DNA克隆又称分子克隆，依诺赞生物进行基因操作或重组DNA技术。DNA分子或来自于目的生物基因组DNA，或者来自目的细胞mRNA逆转录合成的双链分子。

DNA克隆涉及一系列的分子生物学技术，如目的DNA片段的获得、载体的选择、各种工具酶的选用、体外重组、导入宿主细胞技术和重组子筛选技术。由于基因组DNA较大，不利于克隆，因此将其处理成适合克隆的DNA小片段，常用的方法有机械切割和核酸限制性内切酶消化。

如果基因的两端部分序列已知，根据已知序列设计引物，从基因组DNA或cDNA中通过PCR技术可以获得目的基因。在宿主细胞中有复制和表达的能力，这样才能使外源重组的DNA片段得以扩增。分子量尽可能小，这样利于在宿主细胞中有较多的拷贝，便于结合外源DNA片段，同时在实验操作中也不易被机械剪切而破坏。

载体分子中具有两个以上的容易检测的遗传标记，载体本身具有尽可能多的限制酶单，为避开外源DNA片段中限制酶位点的干扰提供选择范围。若载体上的单一酶切位点是位于检测表型的标记基因之内可造成插入失活效应，则有利于重组子的筛选。