载体的种类与宿主相匹配，根据宿主不同，分为原核表达载体、酵母表达载体、植物表达载体、哺乳动物表达载体、昆虫表达载体等。载体中含有外源基因片段，通过载体介导，外源基因可以在宿主中表达。依诺赞了解有的表达系统中还包括了协助载体进入宿主的辅助成分，比如昆虫杆状病毒表达体系中的杆状病毒。

蛋白表达系统是指由宿主、外源基因、载体和辅助成分组成的体系，通过这个体系可以实现外源基因在宿主中表达的目的。对于表达不同的蛋白需要采用不同的载体，大肠杆菌的表达载体可分为非融合型表达载体和融合型表达载体两种，融合型表达的载体包括分泌表达载体、带纯化标签的表达载体、表面呈现表达载体、带伴侣的表达载体。

非融合表达是将外源基因插到表达载体强启动子和有效核糖体结合位点序列下游，表达产物在序列上与天然的目的蛋白一致。表达蛋白的生物体可以为细菌、酵母、植物细胞、动物细胞等，由于各种生物的特性不同，适合表达蛋白的种类也不相同。融合表达是将目的蛋白或多肽与另一个蛋白质或多肽片段的DNA序列融合并在菌体内表达。

在各种表达系统中，被采用进行研究的是大肠杆菌表达系统，也是掌握成熟的表达系统，大肠杆菌表达系统以其细胞繁殖快速产量高、诱导表达相对简便，成为生产重组蛋白的常用的系统。