一个完整的DNA克隆过程应包括目的基因的获取、基因载体的选择与构建、目的基因与载体的拼接、重组DNA分子导入受体细胞以及筛选并无性繁殖含重组分子的受体细胞，依诺赞生物利用重组DNA技术构建嵌合DNA时，载体DNA的外源DNA片段中含有基因或DNA序列的基因。

分离组织或细胞染色体DNA利用限制性核酸内切酶将染色体DNA切割成基因水平的许多片段，将它们与适当的克隆载体拼接成重组DNA分子，继而转入受体菌扩增，使每个细菌内都携带一种重组DNA分子的多个拷贝，不同细菌所包含的重组DNA分子内可能存在不同的染色体DNA片段。

生长的全部细菌所携带的各种染色体片段就代表了整个基因组，存在于细菌内、由克隆载体所携带的所有基因组DNA的集合称基因组DNA文库。涵盖了基因组全部基因信息，建立基因文库后需要结合适当筛选方法从众多转化子菌落中筛选出含有基因的菌落，进行扩增，将重组DNA分离、回收。

外源DNA片段离开染色体是不能复制的，如果将外源DNA连接到复制子上，外源DNA则可做为复制子的一部分在受体细胞中复制，这种复制子就是克隆载体。重组DNA技术中克隆载体的选择和改进是一项专门的工作，目的不同、操作基因的性质不同，载体的选择和改建方法也不同。