这个二十多年前就提出的卫生学假说断定现代社会的抗微生物之战的负面效应。这个假说认为，为了机体正常运作，在我们年轻的时候免疫系统就需要接受微生物刺激。如果没有这些早期的相互刺激作用，我们的免疫细胞在中晚年将会变得更易激发炎症和产生自身免疫反应，如过敏、哮喘、肠胃道发炎疾病和多重组织硬化等。另外这个假说还解释了为什么在农场长大的孩子患上哮喘和过敏的概率较低：他们大概比城里的孩子接触细菌的浓度更高或种类更多。

   棘手的问题是微生物是怎么样提供保护作用的呢，至今未解。缺乏正常微生物伴生菌群和致病菌的小鼠为Boston Brigham女子医院黏膜免疫学家Richard Blumberg及其同事提供一个揭开谜底的机会。这些所谓的无菌小鼠一生都住在无菌的鼠笼里，进食无菌的食物，因此他们无法获得正常啮齿类动物的肠道共生菌群。研究人员发现，与肠道内已经定植了大量菌群的同类相比，无菌小鼠对结肠炎（一种肠道发炎疾病）和哮喘的易感性更高。在无菌小鼠的肺和肠道里发现“不变的自然杀手T细胞”（iNKT）的数量远远高于正常水平。

      这个新研究提出，这些细胞对结肠炎和哮喘的环境起到至关重要的作用。Blumberg和同事们发现，经基因改造的缺乏iNKT细胞的小鼠即使在无菌环境中长大，也不会轻易产生结肠炎。此外，Blumberg的团队用阻断细胞监测抗原的抗体处理这些含iNKT细胞的啮齿类动物，也能大幅度防止结肠炎在无菌小鼠中的发生。

   将无菌小鼠转移到常规有菌小鼠的鼠笼进行试验，研究人员证明了早期的微生物暴露影响iNKT细胞分布的重要性。转移的无菌小鼠快速的获得了有菌小鼠的肠道细菌。成年的无菌小鼠即使转移后结肠内的iNKT细胞数量也没有减少。然而，当研究人员转移的是已经怀孕的无菌小鼠，确保他们的后代在出生后可以沉浸于常规细菌中，结果发现新生小鼠在出生到长大后结肠内iNKT细胞的数量很低。“从这个研究可以明确的是，iNKT细胞是监测肠道细菌菌群的感应细胞，同时会对菌群作出反应”Blumberg说。